לקהילת המדרשה,
בית הכנסת היחיד במדרשת בן גוריון שייך למדרשת שדה בוקר ומאז הקמתו מנוהל ומתוחזק בידי מתנדבים, שומרי מצוות, מהקהילה.
בית הכנסת פתוח לציבור הרחב ותושבי המדרשה ובאי בית ספר שדה מוצאים בו מענה לקיום המצוות, כל אחד מתוך בחירה.
תושבים רבים בוחרים לפקוד את בית הכנסת בחגי ישראל, במיוחד בראש השנה וביום כיפור, ובני המצווה עולים בו לתורה.
מאז הקמתו, בהתאם לציפיות התורם, בית הכנסת מתנהל כמקובל בזרם האורתודוכסי, אך פתוח לכל מי שחפץ לקחת חלק בתפילות.
מצורפים זמני התפילות:
